當年辛苦建立的聖堂，在機械工具及教會人士親手的摧殘下，昔日美麗的禮拜堂，就處在這般逐漸被摧毀的窘境下，將要從歷史的洪流中消逝。
旗後教會的歷史意義
旗後教會創立於西元1865年，至今已有144年的宣教歷史，為台灣基督長老教會第一間設立的禮拜堂，對於荷據時期以後基督教在台灣的發展史，有十分重大的歷史意義。
旗後教會共經過三次會址的遷移，現址為第三會址，現今所見之教會建築物為西元1935年(昭和十年)所改建之樣貌。教會由巴克禮牧師成立的「愛兒園」，是為高雄第一所幼稚園，不少旗津子弟的腦海中都有那麼一段愛兒園的記憶。
1935年改建後的禮拜堂為鋼筋混凝土造，牆面飾以褐黃色洗石子，外觀採用仿羅馬小教堂的元素，融合其他不同的建築語彙，構成禮拜堂獨特的建築風貌，立面突出門廊及高聳的鐘樓，為整座建築的焦點所在，兩層樓的建築中，二樓為禮拜空間，一樓原先功用為教友的聚會空間。
光復後，地震颱風等天災不斷的考驗著禮拜堂，1977年(民國66年)賽洛瑪颱風來襲，教會嚴重受損，屋頂由原來木構架瓦片頂改成鋼筋混凝土平頂，兩側牆面亦以鋼筋混凝土扶壁補強，後來外牆產生裂痕，以日本進口之石頭漆噴上處理。近年教會內部部分結構逐漸出現嚴重龜裂之現象。
教會拆除重建的過程，文化與信仰不能雙贏嗎？
現任牧師考慮到日漸增多的教友、禮拜空間不足、建築物的安全性、宣揚福音及地方教育需求等因素，決定將教會拆除重建，原先長老及教友們不贊同禮拜堂的拆除，但由於建物結構安全的顧慮，遂放棄保存之念頭，開始也一起投入募款建新聖堂的行動。
起先筆者得知將拆除的消息時，旋即致電給教會人士，但是教會方面普遍對文化資產的概念相當缺乏，他們認定建築物未超過百年，且外觀或內部及一些構件做過更動，就不適合列入古蹟或者是歷史建築作保存，甚至說出「我們教會的存在目的是為了要傳教，並不是為了文化資產的保存」。
當時筆者即積極聯絡文化局及地方文史工作者，文化局的答覆為：本局曾偕同專家學者前往評估其保存價值，然建築主體因自然環境及人為維護情形不佳，其結構已產生相當不利保存之情形，教會基於安全考量，決定進行重建；
而地方文史工作者也覺得結構問題不可避免，甚至認為我們這些人太執著於有形文化資產的保存，更強調建物先前的整修添加的構件，並非完全為原貌，讓教會已經不具有文資保存的價值。當時處在大考繁忙前夕的筆者，不得不臣服於這般毫無資源協助的困境。
一直到前幾天想說去捕捉些教會的「遺照」，十分有機緣地遇到有心欲努力保存禮拜堂完整的人士，開始一連串的連繫及討論，尋求到成功大學傅朝卿老師的協助，還有文建會委員的關切，一同前往勘查，具有長年古蹟經驗的傅老師認為結構問題的解決是可行的，文化局也才開始注意教會情形。
信仰活動可涵括在無形文化資產的範疇內，透過禮拜堂這樣有形的文化資產產生一種特殊的場域精神，難道不能有這樣雙贏的局面出現嗎？在旗後教會這樣的案例中，是具有重重困難的。
除了前述牧師的幾點顧慮之外，教會曾經考慮過另覓土地建新聖堂，保留舊有的禮拜空間，但在旗津地區要尋找那麼大一片的空地是十分困難的，而且若要利用教會原地空間作新建物的增建，礙於土地法規(建蔽率)，新建的空間大小就幾乎等於沒有蓋，種種的問題使得教會不得不拆除重建。
《教會創立者馬雅各醫師銅像及禮拜堂立面》
無法阻擋的窘態終於發生了！
公部門外來的關切來了太遲！新建的招標計畫已完成，雖然教友捨不得，但皆已達成共識，也進行募款多時，對於地方政府遲來的關切十分的不滿，他們覺得拆除的消息已公布那麼久了，若政府有心幫助教會，為何會拖到這個時刻呢？
本來有機會坐下來好好談談的，然而他們的不滿，進而轉為憤慨，在一日之中動手拆除了禮拜堂立面的左側，甚至還不停的對外牆敲敲打打，文化局科長前往欲說服工程暫緩，但教友累積已久的情緒一發不可收拾，文化局方面也拿不出任何承諾，也尚未將此案送上文化資產審查程序，因而無強制力要求停工，拆除工程越演越烈。
隔日，屹立七十四個年頭的老鐘樓，化成了土石堆，從此消逝在世人的面前，昔日榮耀上帝的處所，就成了這般的窘態。
《回望鐘樓的最後一面》
這樣的結果該怪罪於教會方面的暴力嗎？我想並不全然，政府文化部門的消極態度以及不願主動介入的心態，應是比較需要檢討的部分。為何早在年初接獲通知時不盡快介入處理，待到文建會委員的關切才出面？為何文化局緊急會議的召開及強制公文的制定等機動性會如此微弱，造成沒有強制效果下只能看見教會一步一步的走上消逝之路？…
我們的文化局僅僅是處理承辦業務的嗎？還是發自職員內心或責任想為這城市的文化做些甚麼？我想需要文化部門好好地省思。
最後關於旗後教會，禮拜堂僅存右側牆面還沒完全拆除，我們期待能努力將其保留，成為一個歷史的紀念碑，紀念教會，也紀念這個不幸的事件。
(拆除影像紀錄者：張靜瑜 記錄日期：2009/11/19)
（作者為成功大學都計系一年級學生）
這抹牆的就是以色列的先知，他們指著耶路撒冷說預言，為這城見了平安的異象，其實沒有平安。這是主耶和華說的。
主耶和華如此說：愚頑的先知有禍了，他們隨從自己的心意，卻一無所見。
你們親近神，神就必親近你們。有罪的人哪，要潔淨你們的手！心懷二意的人哪，要清潔你們的心！
你們要愁苦、悲哀、哭泣，將喜笑變作悲哀，歡樂變作愁悶。
務要在主面前自卑，主就必叫你們升高。
弟兄們，你們不可彼此批評。人若批評弟兄，論斷弟兄，就是批評律法，論斷律法。你若論斷律法，就不是遵行律法，乃是判斷人的。
設立律法和判斷人的，只有一位，就是那能救人也能滅人的。你是誰，竟敢論斷別人呢？
如果教堂存在的意義只淪落到傳教~那根本不需要新建了~更不需要歷史室
喔不!!
許久未到旗津
今日前往 看到旗後教會被移平
內心的震撼真是久久無法平息
我一直以為它是官定古蹟不能被動的
結果我錯了
唉 真是非常傷心
腦海裡回想著上次前往
如何穿過大門 看見禮拜堂本身時的驚訝
以及走上會堂時 那一景一物的古色
會堂後面的小間
狹窄的通道
沒錯
那禮拜堂確實是老舊且狹小的不堪使用
但我仍舊無法忘懷那空氣裡瀰漫的歷史氛圍
許多的人事曾在這裡發生 我想像著多少人在這裡為神奉獻自己
那真是棟美麗的教堂 看見它讓人瞥見上帝的榮耀
我以為長老教會是最重歷史工作的
當下第一個想法就是必定是哪個可惡的官員強迫的
朋友安慰我說 或許是古蹟維護 要一磚一瓦的重建原貌
但我心想哪有連架構都不要的道理
唉 我心碎了 現在只能靠照片來回憶了
回應黑潮 教會的功能主要是宣傳福音，要是把牧師比如過客，那是否要否決牧師的功能，歷史的意義，因該都了解，可是要是把教會拆掉了，卻不保留之前的歷史，是不是會讓後代子孫不了解的以前所有牧師對宣教的貢獻，這才是最不因該的吧!! 並不是因為觀光客會來才會有歷史室
前幾天我逛到旗津想看旗後教會,找了很久一直找不到,因為遊客中心的簡介上還有印,我以為是地圖標錯了,前前後後繞了有三遍之多,最後看到一個工地旁邊貼著新聚會地點…我當場傻在那…非常失望…怎麼會拆掉? (而且當時還想著,怎麼可以拆掉?不是古蹟了嗎?)在電視上曾看過相關的介紹,沒想到真的有一天能到旗津的時候…已經不見了…我真的為這個老教堂感到很遺憾與惋惜…還印在簡介上的介紹跟地標,真是一大諷刺…唉可惜呀…
對於在地的人來說，教堂是地方的象徵。
是記億中的一景。
是地標。
幾年一聘的牧師只不過是個過客而已。
前幾個禮拜來我聚會的教會幕款。
當時並不知道旗後教會的情形。
只是聽牧師在説重建計畫裡，將有歷史室，
因為很多觀光客常常來看旗後教會。
心裡覺得好笑。
誰要去看新的旗後教會？
很感謝作者的回應，建議作者可以投書「台灣教會公報」作為討論。此外，這裡我僅僅是作為一種建議，也沒有強求的意思，即如果有可能的話，希望作者可以多多補述該建築的歷史意義與地方教友的看法。或許有多一點看法，能更有助於這個議題的討論。
只是也在這裡做個分享，其實關於教會的事務，如果能從信仰上來談是最適切的了，請原諒我這麼說，就我個人認識，在信仰裡，沒有文化和信仰能夠雙贏這樣的事，而是只會是信仰贏、然後讓合於信仰的文化也贏。當然，也未必就要把「教會人士的主張」就都當成是「信仰」，因為這些主張也是要經過信仰的檢驗的（一如我的言論），這些主張也有可能是不合於信仰的個人見解。所以，我才會認為，這些事情如果能從信仰上來討論是最適切的，我想這樣講，你的夥伴應該能夠理解。
我由衷地期待這建築的未來，能夠朝向一個好的方向發展，而不要徒留遺憾。也謝謝作者的努力。
失去原貌的部分除了上述光復後的整建，還有一樓側圓窗的填補、內部空間的更動、鐘樓尖頂及角錐的形貌變化和地板鋪面的改變，大致上是這樣，但是個人認為這些更動是不致於影響保存，教會方面及地方文史工作者的認知卻不是這樣，而建築物的新舊是重點之一不可否認。
我們當初就是希望文化和信仰方面能雙贏，並非一味的指要教會保存，我們溝通了很多次，也想了許多能兩全的方案，但是牧師似乎不太願意變通。這棟禮拜堂擁有的歷史意義十分重大，且對旗津地區的教友來說亦有很深刻的情感，我們當然不希望歷史鏈結斷掉。而且，一同努力的夥伴就是一位教友，所以我們還是很重視教會的功能的。
不知道這樣的敘述是否有為您解了答，亦很感謝您的回覆。
謝謝作者的報導，但自己還不是非常清楚文中所謂已失去原貌的部份，究竟是失去了多少以至於選擇不保留，而我想或許這多新、多舊可能是評價是否該保存、該怎麼保存的重點之一。
而或許要補充的是，從信仰上來看，教會的功能在於傳福音，若教會偏離了這個功能，則教會也可能是魔鬼的殿堂，無論它多麼地歷史久遠或多麼地華麗都沒有意義。當然，這不是說教會建築就都不重要，如果教會能夠讓人紀念馬雅各來台灣傳福音的意義、而受感動，那麼這種歷史連結的功能，也就帶有傳福音的功能。但如果不是建立在這個意義上，對我個人來說，我覺得那建築就失去了一項非常關鍵的、之所以應該被保存的重要性。
以上，僅是分享一些從信仰的角度所做的思考。